影片《封口之谜》的故事情节从医生林锋（冯伟力）被绑架开始讲起，这一切都是源于三年前的一个车祸。

三年前，秦磊（文铭）骑着电动车，带着女儿在大街上遇到酒驾的两个年轻人。女儿优优当场死亡，秦磊失忆。

医生林锋的女儿需要眼结膜移植，医院高建辉（景涛）主任和林锋合谋伪造了秦磊女儿眼角膜捐献的协议书，而且是林锋亲自代替秦磊在眼角膜捐献协议书上签字，高主任亲自让昏迷中的秦磊按手印的。

秦磊出院后寻找当天酒驾车辆，被医院保安当贼送给警方。秦磊因为“偷盗”被判入狱。出狱后的秦磊继续寻找线索，原来那晚车祸是高建辉的儿子高小攀造成的，为了掩盖儿子酒驾，高建辉和医院保安商量好，说那天监控坏了。

秦磊搜集高建辉受贿证据，拍高建辉和情人幽会照片，威胁高建辉给钱，最后一次索要一百万，高建辉实在忍受不了，最后跳楼自杀。

高建辉跳楼死了，秦磊去高建辉办公室拿走了笔记本电脑。人还没有离开，林锋就去了高建辉办公室。这时高建辉的表外甥梅龙（杨志刚）也去了高建辉办公室，他俩都是去找不利于自己的证据。

秦磊在高建辉的笔记本里看到了林锋签字的自己女儿眼角膜捐赠协议书，绑架了林锋和女儿，想知道林锋到底知道多少秘密。

秦磊同时绑架了高小攀，然后假扮高小攀来跟林锋接触，最终秦磊知道了女儿的眼角膜给了林锋的女儿，放了林锋和女儿，自己再次进了监狱。

影片中的秦磊，虽然勒索高建辉，最终致其跳楼自杀，但是秦磊问高建辉要的钱并没有自己花，而是全部捐给了孤儿院。从这一点来看，秦磊还算是善良人。至于绑架高小攀和林锋及女儿，这是违法的，最后受到了法律的制裁。